Jan 19

DiscoSnp becomes DiscoSnp++. Detect SNPs and more

Information and download: DiscoSnp++ page

Nov 12

Paper discoSnp published in NAR

The discoSnp paper will soon be published in Nucleic Acid Research. PDF proofs are already available from the discoSnp home page. discoSnp

Oct 07

Commet Bug Fixed

A critical bug had been fixed in Commet. This bug affected the treatment of large files composed of more than a billion of k-mers.

You can update the git repository by a “git pull” command or download the last version of Commet (https://github.com/pierrepeterlongo/commet/archive/master.zip).

Sep 11

Paper commet accepted to bibm 2014

We’re happy to announce that commet will soon be presented at the bibm 2014 conference.

Jul 29

Commet – Comparing and combining multiple metagenomic datasets

We are pleased to announce the commet release, a new tool for comparing large metagenomic read sets, for combining and visualizing results.

Jun 19

TakeABreak presented at AlCoB 2014

TakeABreak (our new tool to detect inversion and translocation breakpoints in raw NGS reads without mapping nor assembly) has been presented at AlCoB 2014. Here are the slides Lemaitre_alcob2014 !

Apr 30

Jobs offers: poste 18 mois Ingénieur – Inria

Bonjour à toutes et à tous.

Dans le cadre du projet Colib’read (http://colibread.inria.fr/), l’équipe Irisa/Inria Genscale (http://team.inria.fr/genscale) recrute un(e) ingénieur(e) de développement pour une durée de 18 mois.
Poste à pourvoir dès que possible.

Profil du poste
– Assurer le développement d’outils issus du projet de recherche Colib’read: détection de variants, assemblage précis de données de séquençage. Ce développement pourra consister au déploiement de méthodes déjà prototypées, au codage de nouvelles méthodes ou à l’amélioration (via la parallélisation par exemple) d’outils existants.

– Avoir un regard critique sur les résultats des outils. Le/la candidat(e) recruté aura pour mission de mettre en place des méthodes de simulation et de test permettant de comparer et de valider les approches proposées.

– Le poste, basé sur un profil d’ingénierie, comprend une forte coloration “recherche”. La personne recrutée devra donc avoir un goût pour ces aspects plus prospectifs.

*Environnement de travail*
– Le poste sera basé à Rennes au sein de l’équipe GenScale. Les interactions seront fréquentes avec les autres équipes du projet Colib’read. Le/la candidate aura accès à des moyens de calculs conséquents et pourra s’appuyer sur les données et l’expertise de nos collaborateurs biologistes.

Formation et compétences requises
– Master informatique et algorithmique ou master bioinfo.
– Forte motivation et connaissances dans le domaine de la biologie moléculaire, en particulier des techniques NGS.
– Forte motivation pour les aspects recherche (prises de risques, publications, …)
– Algorithmique avancées (techniques d’indexation, algorithmique du texte, …)
– Codage en C/C++, environnement Linux
– Idéalement:
* Expérience en analyse de données de génomique et NGS
* Travail collaboratif (GIT, SVN)
* Connaissance des outils d’analyse statistique.
* Maîtrise de l’anglais
*Limite de soumission des dossiers* : Vendredi 30 Mai 2014
*Audition des candidats* : Mardi 10 Juin 2014
*Prise de fonction* : Dès que possible, au plus tard le 1er Octobre 2014
*Rémunération* : Niveau ingénieur Inria, en fonction de l’expérience et à partir de 2530€ brut mensuel

*Envoyer le dossier de candidature* (lettre de motivation et CV) à : pierre.peterlongo@inria.fr – indiquer “inge_colibread_2014” dans le titre du mail SVP.

Nov 19

Colib’read postdoctoral position available

Title : Algorithms for detecting complex variants in unassembled NGS data.

Context

In the context of the ANR Colib’read, we propose a 18 months postdoctoral position.

It will be located in the Inria/Irisa genscale team, Rennes, France http://team.inria.fr/genscale. A major expertize domain of this team is the development of methdos for the extraction of relevant biological information from high throughput sequencing data (NGS), bearing in mind the objective to design scalable (both in term of time and memory) algorithms for processing such huge datasets.

Description

The aim of this project is to propose new methods to efficiently detect polymorphisms and variants while working with unassembled NGS data for which no reference genome is available.

While such method has already been developped and validated for the detection of small polymorphisms such as SNPs, the successfull condidate will focus on more complex variants  that are structural variants. She/he will design, implement, and validate the new method. A  following line of work will be the integration of the detection of these various biological variants (SNPs, indels, structural variants) and their combinations into one single tool.

For further details visit the team web site:  http://team.inria.fr/genscale and the colib’read web site: http://colibread.inria.fr/

Profile

  • PhD in computational biology or algorithmics with a strong interest for biology
  • good programming skills (C, C++, python, …)
  • background in sequence and graph algorithmics
  • a prior experience with high throughput sequencing data will be appreciated

Contacts and application

Applicants should send a complete CV,  a cover letter and contact information of  at least two references to:
  •  Claire Lemaitre: claire.lemaitre@inria.fr
  •  Pierre Peterlongo: pierre.peterlongo@inria.fr
Starting as soon as possible

Nov 04

discoSnp presented at “Colloque de Génomique Environnementale”

discoSnp is presented today (4 nov 2013) at “Colloque de Génomique Environnementale“, Rennes.

Here are the slides: colloque_GE_2013_discoSnp

Oct 14

discoSnp: the new name of read2SNPs

read2SNPs name changed. The new name is now discoSnp. Its new web page is here.